Feb 4, 2016 · 做完了RIP-seq、 ATAC-seq 、 m6A-seq 等项目，想对基因的某个区域高富集区域绘制peak calling的图，类似于下面展示的几种形式，你会用什么软件呢？ 当然这里的AI不是人工智能的意思，而是 Adobe Illustrator 的简称。 今天我们就来一起分享以上这种图是怎么画的？ 目前有两种方法可以得到—— bedtools 和IGV都可以做出类似的图，bedtools操作较为复杂且需要linux环境，而IGV有桌面版软件。 下面我们就来看看如何实现论文级别的矢量图。 第一步， …

**为大家逐步详细介绍用IGV软件进行甲基化峰可视化的操作方法，其中也囊括了一些常见问题的解答 。 m6A或其他修饰 MeRIP测序 之后经常会需要通过一种“可视化”方法，直观考察以及展示到文章中个别基因或区域的测序原始信号（coverage）和序列比对情况，即展示甲基化峰。 类似的可视化展示也常常应用在一些其他的需要分析信号峰的测序中，如 MeDIP-seq 、 ChIP-seq 、 ATAC-seq 等。 **为大家逐步详细介绍用IGV软件进行甲基化峰可视化的操作方法，其中也囊括 …

Mar 18, 2024 · 本文详细介绍了ChIP-seq、DAP-seq、ATAC-seq和CUT&Tag等技术在生物学研究中的作用，重点讲解了如何利用IGV工具进行转录因子结合、组蛋白修饰等信号的可视化。 指南包括如何导入基因组、注释文件，以及如何设置和调整track以获得理想的可视化效果。

m6A或其他修饰MeRIP测序之后经常会需要通过一种“可视化”方法，直观考察以及展示到文章中个别基因或区域的测序原始信号（coverage）和序列比对情况，即展示甲基化峰。 类似的可视化展示也常常应用在一些其他的需要分析信号峰的测序中，如MeDIP-seq、ChIP-seq、ATAC-seq等。 今天为大家逐步详细介绍用IGV软件进行甲基化峰可视化的操作方法，其中也囊括了一些常见问题的解答 。 FAQ. Q1: 测序结果中的位点位置在可视化中全部看不到峰？ ——注意基因组版本选 …

IGV软件提供了比对信息、剪接信息等展示，对于表观类测序结果，仅需保留覆盖度信息即可，此外针对轨道的高度、范围、配色等参数都可以调整。

Oct 4, 2024 · 本部分为基于 生信 修炼手册的《玩转基因组浏览器》系列的笔记大汇总，对于初级的 IGV 使用进行了更为高阶的补充。 常见的基因组浏览器包括 UCSC Genome Browser …

May 18, 2024 · 现在我们来将bam文件转成bw文件，可以使用IGV来查看比对结果，以及peak可视化（IGV教程参考隔壁公众号： 保姆级 IGV 基因组浏览器使用指南（图文详解））。

Feb 23, 2024 · 啊啊，然后看看还有。 呃，老师还有一个问题，就是他这个IPM6和这个，嗯，我看到有一个是rip的rip sick,是不是就是您当时说的那个，嗯，不是两种取交集，一个是普通的那个蛋蛋白，还是是抗体去拉的时候，还另外一个是M6A的抗体去拉，是是这两个吗？

Aug 12, 2021 · 本文提供了一篇关于如何使用IGVtools进行RNA甲基化分析的操作教程，包括软件安装、基因组选择、tdf文件导入、常见操作如查看基因深度、track操作及图片导出等步骤，旨在帮助研究者更好地理解和调整IGV图。

Mar 10, 2021 · 使用示例结果中的一个差异peak在IGV中查看peak分布 相对于exomePeak，作者还输出了每个peak在每个样本中的read count数，就用第一个peak示例吧，差异FC比较大，p值也显著。 peak大概100个bp这么长。