Nguyên liệu chính của bún cá là cá lóc, cá rôđồng hoặc mắm cá, nhưng hương vị thật sự làm nên nét riêng của từng món bún cálại là từ củ ngải bún – một loại gia vị đặc trưng chỉ có ở miền Tây.